Zu den ökonomischen Grundsatzfragen der Eisenbahnregulierung gehören Fragestellungen in Bezug auf die grundsätzliche Handhabung einzelner Aspekte aus dem operativen Regulierungsgeschäft.
In der Regel wird den Referaten der Eisenbahnregulierung in Form von Leitfäden oder internen Gutachten zugearbeitet.
Hierunter fällt u .a. die Ausarbeitung des Konzepts zur Bewertung der Genehmigung von „lang laufenden Rahmenverträgen“. Über diese Rahmenverträge wird Eisenbahnverkehrsunternehmen von Eisenbahninfrastrukturunternehmen Schienenwegkapazität in definierten Bandbreiten über eine Laufzeit von bis zu 15 Jahren zugesichert. Dies erhöht die Investitionssicherheit der Beteiligten, schränkt aber andererseits die Wettbewerbsmöglichkeiten anderer Eisenbahnverkehrsunternehmen ein.

Des Weiteren werden ökonomische Fragestellungen, die sich im Rahmen der Weiterentwicklung des Regulierungsdesigns oder potentiell geänderter Rahmenbedingungen des Sektors ergeben (beispielsweise ökonomische Bewertung und Auswirkungsanalysen unterschiedlicher Regulierungsansätze, Auswirkungen auf die Infrastrukturnutzungsentgelte bei Änderungen der Finanzierungsstruktur von Eisenbahninfrastruktur, usw.) untersucht.

Aktuell liegt ein Schwerpunkt der Tätigkeit in der Evaluation möglicher Verfahren und der Definition notwendiger Rahmenbedingungen für die Bestimmung von Effizienzpotentialen von regulierten Eisenbahninfrastrukturunternehmen. Diese Effizienzbestimmung bei Unternehmen wird im Rahmen des neuen Eisenbahnregulierungsgesetzes (ERegG) zur Kalkulation regulierungskonformer Entgelte notwendig.

Im Rahmen einer Primärmarkterhebung versendet das Referat jährlich mehr als 1.500 Anschreiben mit der Aufforderung zur Teilnahme an der Markterhebung Eisenbahnen an Eisenbahnunternehmen und öffentliche Bestellerorganisationen des Schienenpersonennahverkehrs. Die aus der Markterhebung gewonnenen Daten werden ausgewertet und dienen im gesetzten rechtlichen Rahmen als Grundlage für die Regulierungstätigkeit.

Die Ergebnisse aus der Auswertung der erhobenen Daten werden von der Bundesnetzagentur gemäß § 71 ERegG für die Bundesregierung und den Deutschen Bundestag zusammengefasst dargestellt.

Ebenso wird gemäß § 17 Abs. 5 ERegG im Rahmen des Rail Market Monitoring Scheme (RMMS) an die Europäische Kommission berichtet.

Darüber hinaus erhalten interessierte Unternehmen durch die jährlich im Herbst erscheinende "Marktuntersuchung Eisenbahnen" umfangreiche, aggregierte Informationen zu Marktdaten und -entwicklung.

Im Rahmen der internationalen Zusammenarbeit der unabhängigen europäischen Regulierungsbehörden werden die Daten auch im jährlich erscheinenden Market Monitoring Report der IRG-Rail verwendet.

Im Referat für Ökonomische Grundsätze der Eisenbahnregulierung, Marktbeobachtung, Statistik werden

• die im Internet veröffentlichte Publikation Marktuntersuchung Eisenbahn, die u. a. die Ergebnisse aus der Markterhebung beinhaltet, erstellt,
• der "Tätigkeitsbericht Eisenbahn" (§ 71 ERegG) koordiniert,
• der "Bericht über eine mögliche Kostendeckung bei der Ausgestaltung der Entgelte für Schienenwege und Personenbahnhöfe für Personenverkehrsdienste im Rahmen eines öffentlichen Dienstleistungsauftrags" gem. § 37 Abs. 5, 6 ERegG, erstellt,
• der "Bericht der Bundesnetzagentur zum Markt für Wartungseinrichtungen" gem. §§ 64, 65 Abs. 3 ERegG, erstellt,
• der "Bericht der Bundesnetzagentur über die Angemessenheit des Produktionsfaktors gem. § 28 Abs. 3 ERegG koordiniert,
• im Rahmen des "Jahresberichtes" der Bundesnetzagentur die Kapitel zur Eisenbahnregulierung koordiniert sowie
• im „Rail Market Monitoring Report“ der IRG-Rail die Informationen zum deutschen Eisenbahnmarkt zugeliefert

Die Marktuntersuchung Eisenbahn wird derzeit einmal jährlich veröffentlicht. Die Veröffentlichungsfristen für die anderen Berichte ergeben sich aus den entsprechenden Rechtsgrundlagen des ERegG.